Tại Hoa Kỳ, chỉ với doanh số tiêu thụ sau gần một ngày phát hành, "Malibu" ra mắt ở vị trí 64 trên bảng xếp hạng Billboard Hot 100 với 29.000 bản từ lượt tải nhạc số và 4 triệu lượt streaming.[25] Trong tuần đầy đủ đầu tiên, nó tăng vọt lên vị trí thứ 10 với 77.000 lượt tải nhạc số, 21.5 triệu lượt streaming và 13.5 triệu lượt yêu cầu trên sóng phát thanh. Đây là đĩa đơn top 10 thứ 9 của cô trên bảng xếp hạng và là lần đầu tiên kể từ "Wrecking Ball" (2013).[26]

Ở Vương quốc Anh, bài hát ra mắt ở vị trí thứ 11 trên bảng xếp hạng UK Singles Chart, trở thành bài hát thứ tư của cô đạt đến vị trí này.[27] Ở Châu Đại Dương, "Malibu" đạt vị trí thứ 3 ở Úc và thứ 4 ở New Zealand.